Инкерман – знаменитый пригород Севастополя, здесь добывают инкерманский камень – плотный белый известняк, который используют для облицовки зданий. Добывали этот камень с незапамятных времён, поэтому в скалах образовалось множество катакомб и пещер. Именно здесь, в Монастырской и Загайтанской скалах, в средние века возник пещерный монастырь. Он хорошо виден со стороны трассы Севастополь – Симферополь.

Церковное предание связывает основание монастыря с именем святого Климента – римского епископа с 92 по 101 год. В Кесарии Климент принял крещение от апостола Петра, после чего продолжил путешествие с ним, разделив все труды и опасности. За проповедническую деятельность и праведную жизнь Климент был рукоположен апостолом Петром в епископы города Рим. Климент был популярен среди народа, всё большее число римлян становилось христианами… За неповиновение император Траян сослал его в каменоломни в окрестностях Херсонеса. Святой Климент и здесь крестил в день до 500 человек, каторжников и свободных людей, живших в округе, и основал 75 храмов. Правителям Херсонеса не нравилась деятельность святого Климента, поэтому его решили казнить. На шею святому привязали тяжёлый якорь и бросили его на дно моря в Казачьей бухте. Так в 101 году погиб епископ Климент, но через год море отступило, и в подводном гроте люди увидели останки праведника. Каждый год в день смерти святителя приходили христиане к месту казни и по обнажившемуся дну шли поклоняться святым мощам.

Морской отлив позволял приходить к святым мощам до VI века, затем на маленьком островке посреди бухты была построена церковь. В 861 году в Херсонес прибыли святые братья Константин (Кирилл) и Мефодий. Они обратились к архиепископу Херсонеса Георгию с просьбой помочь им приобрести святые мощи. Святые Кирилл и Мефодий часть мощей перевезли в Рим, где они и хранятся по сей день в базилике святого Климента. Мощи святого Климента оставались и в Херсонесе до X столетия. После крещения князь Владимир испросил себе в благословение от местного епископа честную главу и часть мощей святого Климента и перевёз их в Киев.

А в бывших каменоломнях возник монастырь. Но сначала в VI веке на правом берегу реки Чёрной на высокой скале появилось укрепление, возведённое местными племенами. Позже, когда в этой части Крыма окрепло влияние феодального княжества Феодоро, в конце бухты Северной, в устье реки Чёрной был основан морской порт Авлита, а для его защиты мангупский князь Алексей заново отстроил древнее укрепление, превратив его в крепость Каламиту. Вот здесь, под защитой грозной крепости, примерно в VIII-IX веках и возник пещерный монастырь. Пещеры служили первым монахам и жильём, и подсобными помещениями. Храмы также устраивали в пещерах, из камня вырубали алтарь, престол, скамьи. Все помещения соединялись вырубленными в скале лестницами. Находясь рядом с крупным торговым портом, монастырь жил безбедно.

В 1475 году Крым захватили турки. Они перестроили крепость и назвали её Инкерманом, что означает «пещерная крепость». Очевидно, христианский монастырь не мог существовать рядом с мусульманской крепостью и постепенно пришёл в упадок. Некоторые учёные полагают, что монахи ушли на мыс Фиолент и основали там Георгиевский монастырь.