Музей был открыт в 2004 г. в самом большом на Черном море комбинированном противоатомном фортификационном сооружении для ремонта и укрытия подводных лодок.

В десяти километрах от Севастополя, в пригороде под названием Балаклава впервые за сорок шесть лет на всеобщее обозрение представлен сверхсекретный завод по ремонту подводных лодок. Этот стратегический объект, единственный в мире по своим масштабам, начал строиться в 1957-м году под личным контролем Лаврентия Берии.

ыполняя распоряжение Президента Украины от 29 июля 2002 года, связанное с демилитаризацией Балаклавской бухты, Министерство обороны Украины приняло решение создать Военно-морской музейный комплекс «Балаклава».

Для выполнения этой задачи было принято решение использовать находящийся на балансе Министерства обороны бывший завод по ремонту и обслуживанию подводных лодок, арсенала для хранения морских боеприпасов и казарму личного состава подводной лодки «Запорожье».

После атомной бомбардировки в августе 1945 г. японских городов Херосимы и Нагасаки Советское правительство, оценив масштабы разрушений и последствия ядерных взрывов, приняло комплексный план защиты от ядерного оружия основных промышленных и оборонных объектов страны.

Было принято правительственное решение о постройке в Балаклаве объекта, который мог защитить технику и людей в случае ядерного взрыва. Проект Балаклавского защитного подземного сооружения подготовил Ленинградский проектный институт и в 1953 г. представил на подпись в правительство. Иосиф Сталин лично рассмотрел и собственноручно завизировал проект строительства в Балаклавской бухте единственного в своем роде подземного завода по ремонту подводных лодок.

В послевоенные годы в Балаклаве была организована военно-морская база. Тут базировалась 14-я дивизия подводных лодок Черноморского флота СССР.

Строительство секретного объекта началось в декабре 1953 году военным горно-строительным отрядом ЧФ.

Строители работали круглосуточно в три смены. В конце 1955 г. к строительству подключился отряд строителей-метростроевцев, который был направлен в Балаклаву с Кавказа.

Выработка скального грунта из штольни, где проходил канал, составляла 200 тысяч кубометров. В скальной толще западного утёса возникали рукотворные подземные дороги, шлюзные камеры, цеха, арсеналы, хранилища, кабинеты, причалы, глубоководный канал и сухой док, в который могла войти подводная лодка. Завод строился поэтапно. Строителям давали план строительства по частям. По окончанию строительства вся документация была изъята.

С 1957 г. Балаклава потеряла статус города и стала закрытым для свободного въезда районом города Севастополя, въезд осуществлялся по специальному разрешению.

Весь подземный комплекс состоит из ремонтной части (или Спеццех), где проводился ремонт, обслуживание и подготовка лодки к боевому походу, оружейный арсенал, где готовили вооружение для подводных лодок и наводных кораблей.

Строительство завода завершилось в 1961 г.

Никита Хрущев осмотрев в 1961 году сооружение собственными глазами, махнул рукой и бросил: «Надо отдать все это виноделам!». Однако стараниями тогдашнего руководства ВМФ виноделам грандиозный подземный комплекс все-таки не достался и в том же 1961 году вступил в строй под кодовым наименованием «Объект 825 ГТС» (Спеццех завод «Металлист» с 1969 года).

Завод строился в противоатомном отношении первой категории устойчивости. Толщина бетонных стен составляет от 1 до 5 метров железобетонной отделки. Объект мог выдержать прямое попадание 100-килотонной ядерной бомбы. Это в 5 раз больше чем было сброшено на Хиросиму и Нагасаки. Вся инфраструктура подземного завода позволяла полностью изолировать подземные лодки от внешнего мира с перекрытием подводных шлюзов, а так же укрывать в штольнях при ядерной атаке несколько тысяч человек (до 3000 человек).

Как правило, лодка заходила на завод ночью, когда город спал. Завод обслуживал лодки проектов 613, 633, 615. С правой стороны при входе в канал находился батопорт (морская задвижка) — он закрывал вход в канал и весил около 150 тонн. Его высота составляла 14 м., ширина — 6 м., длина — 18 м. Сейчас он находится в открытом положении, то есть, утоплен в спецнишу.

Комбинированный подземный канал завода позволял вводить под гору сразу 7–9 подводных лодок (в зависимости от проекта лодки). Длина канала достигает 505 м. (при общей длине туннеля до 600 метров), ширина 6–22 м., глубина 6–8,5 м.

Канал, по которому проходили лодки в ремонтную часть, пронизывает всю гору насквозь, а выход из канала находится напротив выхода из Балаклавской бухты. При выходе из канала также имеется батопорт другой конструкции — состоит из железобетонных наборных плит, которые с помощью кран-балки ставились друг на друга и закрывали выход из канала.

Оба выхода из канала были закамуфлированы специальными сетками и скальной породой.

В период работы этого объекта там находились различные рабочие участки:
-минно-торпедная часть, где проверяли торпеды на герметичность;
— производственные помещения (токарные, слесарные участки), где могли отремонтировать любую деталь для подводной лодки;
— испытательные стенды для испытания электро- и гидрооборудования;
— сухой док для ремонта подводных лодок.

В Спеццехе имелся неприкосновенный запас продовольствия, воды, медикаментов. В системе вентиляции находились воздушные фильтры грубой и тонкой очистки воздуха. Люди могли находиться на этом объекте автономно до 30 суток.

Преддоковая площадка — начало производственных площадей завода. Площадка предназначалась для подвоза материалов, необходимых для ремонта подводной лодки, находящейся в сухом доке. На ней располагались: большой расточный станок (длина фундамента 15 метров) для расточки сальников гребного вала подводной лодки, стоянка электрокаров и спуск в насосную станцию для откачки воды из сухого дока при доковании подводной лодки.

На основных производственных площадях размещались станочный парк, участки по проверке электро- и гидрооборудования подводных лодок, складские и служебно-бытовые помещения, а так же пекарня, столовая, лазарет, пункты санобработки, узлы связи.

С 1967 года в производственной части был оборудован защищенный командный пункт (ЗКП) дивизии подводных лодок.

Сухой док — выгородка в канале с габаритными размерами: длина 102 м., ширина 10 м., глубина 8 м. Вход в сухой док закрыт малым батопортом, через кингстоны которого осуществлялась его заполнение водой.

Перед поставкой подводной лодки на ремонт, док предварительно заполняли водой через кингстоны малого батопорта — задвижки, закрывающей вход в док. После выравнивания уровня воды в доке и канале, батопорт отводили в стороны, давай возможность лодке войти в док. Затем батопорт возвращали в исходное положение и откачивали воду из доковой камеры.

Средняя продолжительность ремонта подводной лодки составляла 3–4 недели.

Заводская паттерна — большой транспортный коридор, ведущий к производственным площадям сооружения. Использовался для транспортировки подготовленных торпед из минно-торпедной части и доставки материалов, оборудования в производственную часть завода, а также как убежище для личного состава в случае ведения войны с применением ядерного оружия. Паттерна имеет закругление определенного радиуса, предусмотренное для гашения ударной волны. Протяженность коридора составляет 296 м., ширина 4 м., высота 4,5 м. Заводская паттерна пересекается с малым транспортным коридором, предназначенным для доставки торпед из минно-торпедной части к водному каналу.

Минно-торпедная часть предназначалась для подготовки и проверки боезапаса для подводных лодок. На рабочих участках минно-торпедной части торпеды заполняли энергокомпонентами, проверяли электрические схемы мин и торпед, аппаратуру самонаведения, герметичность. Бассейн-кессон с подсветкой дня использовался для проверки герметичности торпед. Разгерметизацию схемы торпеды определяли по пузырькам воздуха. Подготовленные и проверенные торпеды принимались подводниками и доставлялись в склад подготовленных торпед на территорию арсенальной части комплекса.

Развилка транспортных коридоров завода — паттерн. Основная паттерна длиной 300 м. выводит на территорию производственных площадей. Вторая паттерна, находящаяся напротив входа в штольню, длиной 65 м., связывает топливное хранилище с ремонтной частью.

По коридорам были проложены рельсы для перемещения вручную транспортных тележек с торпедами.

В центре развилки находился поворотный круг, позволяющий менять направление движения тележек.

Двустворчатые арочные защитные ворота предназначены для перекрытия проема размером 4,0×5,6 м. Ворота представляют собой сварные створки (из проката и листовой стали), заполненные бетоном марки «М 500», подвешенные на петлях к закладной раме. В движение створки приводились гидравлическим механизмом. Общий вес одной створки с бетонным наполнением составляет 10 тонн.

Строительство Арсенала (ремонтно-технической базы для подготовки вооружения для подводных лодок и надводных кораблей) началось в 1963 г.

В арсенале хранились боевые головные части для торпед и ракет, в том числе и ядерные, а так же производились регламентные работы по обслуживанию и сборке изделий.

Шлюзовая камера арсенала предназначалась для защиты рабочих помещений от поражающих факторов атомного взрыва.

Камера состоит из противоатомных защитных ворот с внешней стороны и защитно-герметичной двери с внутренней стороны. Внутри шлюзовой камеры установлены электроприводы для движения каждой створки противоатомных защитных ворот.

Противоатомные защитные ворота — двустворчатые арочные, предназначены для перекрытия проема размером 3,0х2,8 м. и восприятия давления P = 60 кгс. / кв. см. Их створки сварены из листовой стали и проката, заполнены бетоном марки «М 500». Общий вес одной створки ворот с бетонным наполнением составляет 10 тонн. Толщина створки 60 см., высота — 3 метра.

Герметичная защитная дверь изготовлена из листовой стали. По периметру она имеет мощную резиновую прокладку, которая обеспечивает герметизацию проемов. Дверь оборудована калиткой для прохождения персонала. Вес двери 480 кг.

Арсенал состоял из локальной и технической зон.

В локальной зоне размещались: хранилище головных частей и зал для сборки изделий.

В технической зоне располагались механизмы для обеспечения работы локальной зоны и автономной жизнедеятельности всего арсенала.

Локальная зона являлась самой секретной зоной арсенала, доступ в которую имели только расчеты, состоящие исключительно из офицеров и мичманов. В помещениях зоны осуществлялось хранение головных боевых частей изделий, проводились регламентные работы по их обслуживанию.

В центре зоны находится поворотный круг для изменения направления движения транспортных тележек, на которых перевозились контейнеры с боеголовками. Вес тележки 996 кг. Грузоподъемность 7 тонн. В соответствии с требованиями мер безопасности тележку перемещали только вручную.

В хранилище обычных и боевых ядерных зарядов располагается экспозиция «История становления и развития Военно-морских вооруженных сил Украины».

Хранилище обычных и боевых ядерных зарядов для торпед и крылатых ракет состоит из двух совмещенных помещений. В первом помещении хранились обычные заряды для торпед. Контейнеры с ядерными зарядами хранились во втором помещении на специальном постаменте. В хранилище строго соблюдался и поддерживался температурно-влажный режим (5–15 градусов по Цельсию, влажность 50–60%).

Погрузочная площадка арсенала предназначалась для погрузки торпед на борт подводных лодок, которые укрывались в сооружении в случае нанесения ядерного удара. В мирное время площадка использовалась только в качестве учебно-тренировочной. Основные работы по погрузке торпед проводились на причале.

Погрузочную площадку соединяет с локальной зоной арсенальная паттерна длиной 304 метра.

Самое большое помещение арсенала с рабочей площадью 300 кв. м. Большая его часть разбита на шесть квадратов (план-карт), на каждом из которых разворачивалось рабочее место по сборке определенного вида боевых головок.

Перед входом в сборочный зал с правой стороны расположены кабинеты-сейфы, в которых хранилось имущество, необходимое для проведения сборочных работ (запасные части, контрольно-измерительная аппаратура, специнструмент). Кабинеты-сейфы закрывали мощные металлические двери толщиной 18 см., вес двери составляет 300 кг.

Напротив кабинетов-сейфов вдоль стены размещались шкафчики со спецодеждой, в которую переодевался рабочий расчет, состоящий из 6 человек: начальника группы, двух младших офицеров и трех мичманов.

Численность высококвалифицированных работников комплекса достигала сотни человек. Но со временем, не смотря на всю свою уникальность и мощь, подземный завод в Балаклаве начал терять свою стратегическую значимость. Это было связано с переходом Военно-морских сил СССР на подводные лодки других классов, которые были куда более сложными в обслуживании и большими в габаритах. Поэтому завод работал до 1993 года.

В марте 1995 года с балаклавской бухты была выведена последняя подводная лодка, а Военно-морская база подводных лодок перестала существовать, оставшись на разграбление.

В декабре 2002 г. Центральный музей Вооруженных сил Украины Военно-морского музейного комплекса «Балаклава», а с 1 июня 2003 года ВММК «Балаклава» начал работать.

Заведующим Военно-морским музейным комплексом «Балаклава» назначен В. Ф. Садовиченко. В музее на тот момент работало 18 человек.

Экспозиция музея рассчитана на создание разделов, посвящённых истории Военно-морского флота со времён Древней Греции, Рима, Киевской Руси; истории создания Украинского и Российского флотов.

1 августа 2005 г. открылась экспозиция «История образования и становления Военно-морских сил Украины».

В этой экспозиции идёт речь об образовании ВМС Украины. Имеются адмиральские мундиры командующих — Б. Кожина, В. Безкоровайного. Предметы с подводной лодки «Запорожье» — индивидуальный дыхательный аппарат, радиобуй, зимняя форма подводника.

В экспозиционном зале есть стенды с флагами ВМС ВС Украины, нарукавными знаками различных подразделений, корабле, управления ВМС. В залах экспонируется различное вооружение, которое используется подводными кораблями, подводными лодками, морской пехотой, береговой артиллерией.